Vai diễn chuyên nghiệp đầu tiên của Boynton trong vai Beatrix Potter trong phim Quý cô Potter - bộ phim Anh - Mỹ vào năm 2006. Boynton đã nói trong ngày đầu tiên đóng phim rằng đó là ngày tuyệt vời nhất đời của cô. Vào năm 2007 cô được đề cử cho giải thưởng Giải thưởng Nghệ sĩ trẻ cho Diễn xuất xuất sắc nhất trong Phim truyện - Nữ diễn viên trẻ hỗ trợ, cho quý cô Potter.

Cô đóng vai Posy Fossil năm 2007, một trong ba nhân vật chính, ở BBC trong phim Ballet Shoes. Posy là một diễn viên múa ba-lê trẻ, đầy tham vọng học tại trường nhảy uy tín, chuyên nghiệp. Cô đã không nhảy trong Ballet Shoes, mà thay vào đó là hai hình nộm dùng trong những cảnh nhảy của cô. Boynton cũng diễn một vai Maggaret Dashwood ở trong phim Sense and Sensibility ở BBC. Vào năm 2011, Boynton là khách mời trên Lewis. Cô cũng xuất hiện trong Mo với Julie Walters và David Haig. Cô đóng vai người mẫu bí ẩn Raphina trong phim Sing Street năm 2016, và Nữ bá tước Helena Andrenyi trong phim Án mạng trên chuyến tàu tốc hành Phương Đông năm 2017

Boynton diễn vai cộng sự của Freddie Mercury, Mary Austin trong phim tiểu sử của Mercury và nữ hoàng ban nhạc, Bohemian Rhapsody (2018), đã giành quyền được đề cử cho Hiệu suất vượt trội của dàn diễn viên trong phim điện ảnh tại lễ trao giải thưởng cho diễn viên xuất sắc trên màn ảnh lần thứ 25